Ernst-Jan Eggers1,2, Dh'ith van der Burgt1, Sjaak AW van Heusden2, Mìcheal E. de Vries@ 1, Ridseard GF Visser©2, Crìosdaidh WB Bachem©2и & Pim Lindhout1
Tha buannachd ginteil ann am buntàta air a bhacadh leis an genoma heterozygous tetraploid de bhuntàta àiteach. Tha tionndadh buntàta gu bhith na bhàrr F1-hybrid stèidhichte air loidhne diploid a’ toirt slighe gealltanach a dh’ ionnsaigh barrachd buannachd ginteil. Le bhith a’ toirt a-steach gine ceannasach S-locus inhibitor (Sli) a-steach do germplasm buntàta diploid leigidh sin gineadh èifeachdach de shìol fèin-thorrach agus mar sin leasachadh loidhnichean inbred buntàta. Chan eil mòran fios againn mu structar agus gnìomh an locus Sli. An seo tha sinn a’ toirt cunntas air mapadh Sli gu eadar-ama 12.6 kb air cromosome 12 a’ cleachdadh dòigh-obrach sgrion ath-chuingealaichte. Tha aon de dhà ghine tagraiche a tha an làthair san eadar-ama seo a’ sealltainn sreath gun samhail a tha dìreach an làthair ann an loidhnichean fèin-fhreagarrach. Bidh sinn a’ toirt cunntas air vectar abairt a thionndaidheas fèin-fhreagarrach genotypes a-steach gu fèin-fhreagarrach agus vectar CRISPR-Cas9 a thionndaidheas genotypes SC gu SI. Bidh an gine Sli a’ còdachadh pròtain bogsa-F a tha air a chuir an cèill gu sònraichte ann am poilean bho phlanntaichean fèin-fhreagarrach. Tha cuir a-steach 533 bp ann an neach-adhartachaidh a ’ghine sin a’ leantainn gu buannachd de ghluasad gnìomh, a tha a ’faighinn thairis air diùltadh fèin-phoilean.
Is e buntàta am bàrr bìdh neo-ghràin as cudromaiche san t-saoghal. Ach, ged a tha bàrr bìdh eile leithid arbhar arbhair, rus, agus cruithneachd air buannachd toraidh ginteil de 1% gach bliadhna a nochdadh1, tha buannachd ginteil ann am buntàta air a bhith glè bheag2. An-dràsta, tha a’ mhòr-chuid de àiteachas buntàta a tha air fhàs gu malairteach a’ tighinn bho chroisean eadar pàrantan heterozygous autotetraploid. Anns an t-siostam briodachaidh seo, bidh na ceudan de mhìltean de shìol-chraobhan air an gineadh agus air an sgrìobadh anns gach ginealach briodachaidh gus na daoine tearc sin aig a bheil feartan iomchaidh a chomharrachadh airson grunn fheartan a bhios a’ sgaradh anns a’ ghinealach. Leis gu bheil timcheall air leth-cheud feart ann a tha buntainneach airson luach àiteach buntàta malairteach, chan eil mòran cothrom ann na alleles as fheàrr a chur còmhla gus smachd a chumail air na feartan sin a’ cleachdadh briodadh buntàta àbhaisteach. A bharrachd air an sin, tha e do-dhèanta gun tèid comharran ùra a thoirt a-steach do àiteachas mionlach fhad ‘s a chumas iad ionracas ginteil tro sgeamaichean cùl-taic às aonais loidhnichean phàrantan homozygous. Gus faighinn thairis air na duilgheadasan sin, tha grunn bhuidhnean air tòiseachadh air prògraman briodachaidh buntàta diploid stèidhichte air loidhne inbred2-5. Anns na prògraman sin, tha buannachdan ginteil air an coileanadh tro leasachaidhean mean air mhean air loidhnichean phàrant le bhith a’ taghadh gu leantainneach an-aghaidh alleles millteach aig àm in-briodachaidh agus le bhith a’ cruachadh alleles buannachdail ann an loidhnichean inbred tro sgeamaichean tar-tharraing.6. Thathas an uairsin a’ dol thairis air loidhnichean inbred phàrant gus clann heterotic F1-hybrid a thoirt gu buil.
Anns a’ mhòr-chuid de genotypes buntàta diploid, tha inbreeding air a chuingealachadh gu mòr le siostam fèin-fhreagarrachd gametophytic (GSI) a tha fo smachd an S-locus ioma-allelic. Tha an stoidhle còdachadh S-locus seo air a chuir an cèill S-RNases a chuireas casg air fàs tiùb fèin-phoilean san stoidhle, a’ cur casg air fèin-thorachadh7. Rè tar-poileanachadh, bidh pròtanan bogsa S-locus F (SLF) a tha air an cur an cèill le poilean ag aithneachadh S-RNases agus gan cuimseachadh air an t-slighe truaillidh proteasomal, a’ ceadachadh fàs tiùban poilean a dh’ ionnsaigh na h-uarbhran far am faod torrachadh tachairt.8. Bidh gach S-allele a’ còdachadh S-RNase agus ioma SLF le diofar shònrachaidhean, a dh’ aithnicheas còmhla a h-uile S-RNases ach a-mhàin an S-RNase a tha an làthair air an aon allele9.
Ged a tha a’ mhòr-chuid de loidhnichean buntàta diploid fèin-fhreagarrach (SI), tha loidhnichean buntàta diploid fèin-fhreagarrach ann agus faodar an cleachdadh gus fèin-fhreagarrachd a thoirt a-steach do phrògraman briodachaidh buntàta diploid.10-12. Mhapadh Hosaka agus Hanneman prìomh neach-dìon S-locus (Sli) gine bho a Solanum chacoense faighinn a-steach aig ceann distal chromosome 12 agus chleachd e e gus loidhnichean inbred buntàta a ghineadh13'14. Stèidhichte air na co-dhùnaidhean aca, mhol Hosaka agus Hanneman sin slis a tha na ghine air a chuir an cèill le poilean le gnìomh sporophytic agus an homozygosity sin airson slis tha e marbhtach bhon homozygous SliSli bha genotypes neo-làthaireach ann an sluagh F8 de S. cacoense. Chleachd sinn aon dhiubh sin S. cacoense (DS) - loidhnichean inbred stèidhichte gus fèin-fhreagarrachd a thoirt a-steach do S. tuberosum cùl-fhiosrachadh. An seo, tha sinn a’ toirt cunntas air comharrachadh gine adhbharach fèin-fhreagarrachd gus tuilleadh lèirsinn fhaighinn air bith-eòlas fèin-fhreagarrachd ann am buntàta diploid.
Toraidhean agus deasbad
Ann an aon F2 thàinig sluagh bho chrois eadar an slis tabhartaiche (DS ainmichte) agus diploid S. tuberosum (D2) chunnaic sinn buaidh bheag QTL airson seata fèin-dearcan air cromosome 2, ach cha do shoirbhich le sgrìonadh ath-chuingealaichte às deidh sin. Mhothaich sinn gu robh grunn àireamhan F2 a’ nochdadh fìor skewness timcheall air a’ ghàirdean fhada de chromosome 12, le homozygosity airson an haplotype neo-DS gu tur às-làthair.
Stèidhichte air an skewness seo agus mapadh de slis air cromosome 12, rinn sinn beachd air sin slis air a chuir an cèill gu gametophytically, a’ ciallachadh gu bheil ann am fèin-phoileanachadh de phlannt heterozygous airson slis (Sli/sli), dìreach poilean anns a bheil am fear as motha slis faodaidh allele pàirt a ghabhail ann am fèin-thoradh. Gus am beachd seo a dhearbhadh, chaidh sinn thairis air loidhne làidir agus fèin-thorrach (16HP1-66) gu loidhne làidir fèin-fhreagarrach (D16), chuir sinn làn-genoma an dà chuid, agus rinn sinn mion-sgrùdadh air an àireamh-sluaigh F1 a thàinig às (17SC11, n = 251, Fig. 1a, b). Leis gu bheil an àireamh-sluaigh F1 seo gu math polymorphic airson mòran loci, chunnaic sinn raon farsaing de phenotypes, a’ toirt a-steach an fheadhainn a tha co-cheangailte ri torachas. Mar sin, chuir sinn an gnìomh protocol phenotyping gu math teann agus teann a tha a’ toirt a-steach dearcan agus sìol air an suidheachadh bho gach cuid crois agus fèin-poileanachadh a bharrachd air a bhith a’ faicinn fàs tiùban poilean ann an stoidhlichean gus cùisean sterility a sheachnadh a tha a’ cuir an-aghaidh an phenotype co-chòrdalachd. Thathas a 'beachdachadh air lusan a tha a' suidheachadh barrachd air aon dearc-dearcan SC, ach tha planntrais nach eil a 'suidheachadh fèin-dearcan an dèidh co-dhiù 10 fèin-poileanachadh, a' nochdadh grèim fàs tiùba fèin-poilean san stoidhle, agus a 'suidheachadh crois-dearcan às deidh poileanachadh le bulked. tha poilean air am meas SI. Mar thoradh air an sin, chaidh pàirt chudromach den t-sluagh a chuir a-mach à mion-sgrùdaidhean ginteil leis nach deach na riatanasan airson measadh neo-thaobhach a dhèanamh air an phenotype co-chòrdalachd. Ach, dh’ fhaodadh inbhe co-chòrdalachd a’ mhòr-chuid den t-sluagh 17SC11 progeny a mheasadh agus chaidh a dhearbhadh gun robh e air leth airson fèin-fhreagarrachd (Dàta Leasachail 1). Mar a thàinig fèin-fhreagarrachd bho 16HP1-66, chleachd sinn na sreathan genome gu lèir den genotype seo gus comharran KASP a dhealbhadh a bha ag amas air SNPn air cromosoman 2 agus 12 a tha heterozygous ann an 16HP1-66 ach homozygous ann an D16, a’ comasachadh mapadh de slis ann am meiosis na màthar. Thog sinn mapa ginteil, rinn sinn mion-sgrùdadh QTL, agus lorg sinn QTL fìor chudromach (LOD = 75.72) air gàirdean fada chromosome 12 (Fig. 1b), a 'dearbhadh toraidhean Hosaka agus Hanneman.
Gus an QTL a dhearbhadh ann an cùl-raon ginteil eadar-dhealaichte, chaidh sinn thairis air genotype fìor thorrach eile a thàinig bho phrògram briodachaidh Solynta le genotype SI D14 agus rinn sinn mion-sgrùdadh air an àireamh-sluaigh F1 a thàinig às (17SC25, Dàta Leasachail 1). Am measg 32 neach le àireamh-sluaigh 17SC25, cha do lorg sinn daoine SI. Gus sluagh dealachaidh a ghineadh, thagh sinn an genotype as torraiche agus chaidh sinn thairis air gu dà genotypes SI a dh’ ainmich sinn ann an àireamh-sluaigh 17SC11, a’ ciallachadh gu robh àireamhan 18SC11 agus 18SC12 (Dàta Leasachail 1 agus Fig. 1 Leasachail). Mar a bhiodh dùil, sheall mion-sgrùdadh air àireamhan 18SC11 agus 18SC12 gu bheil an dà àireamh-sluaigh a’ sgaradh airson fèin-fhreagarrachd. Chuir sinn a-steach am màthair (17SC25-8) airson sreath genome slàn agus chleachd sinn an dàta seo gus comharran KASP ùra a dhealbhadh a’ cleachdadh an aon dòigh-obrach a chaidh a chleachdadh airson àireamh-sluaigh 17SC11, ach an turas seo ag amas air dìreach cromosome 12. Dhearbh sgrùdadh QTL às deidh sin an QTL a lorg sinn san àireamh-sluaigh 17SC11 le luachan LOD de 33.14 agus 120.94 ann an àireamhan 18SC11 agus 18SC12, fa leth (Fig. 2 a bharrachd).
Gus faighinn a-mach a bheil slis gu dearbh air a chuir an cèill gu gametophytically, rinn sinn mion-sgrùdadh air sluagh F2 (19SC1, n = 160) a thàinig bho neach 17SC11 torrach agus làidir. Chaidh flùran agus torrachas san t-sluagh seo a lughdachadh an taca ris an F1. Anns an anailis phenotypic, a-mach à lusan 160, bha lusan 81 fèin-fhreagarrach, bha 78 air an seòrsachadh mar neo-chinnteach (ND) air sgàth dìth flùraidh no droch thorrachas agus chaidh aon phlannt a sgòradh fèin-fhreagarrach (Dàta Leasachail 1). Dhealbhaich sinn comharran KASP a bha ag amas air SNPn air cromosome 12 a tha homozygous airson alleles eile ann am pàrantan 16HP1-66 agus D16. A bharrachd air an iomlan de chromosome 12 tha co-mheasan dealachaidh gu mòr a’ gluasad bhon sgaradh 1: 2: 1 ris a bheil dùil. A bharrachd air an sin, timcheall air fèin-fhreagarrachd QTL, chan eil loci homozygous ann airson haplotype pàrant D16 (Fig. 3 Leasachail), a’ sealltainn an àite sin sgaradh 1: 1 airson heterozygous D16/16HP1-66: homozygous 16HP1-66, a’ moladh gun cuirear às do dìth poilean slis ag adhbhrachadh saobhadh sgaradh. Tha seo a’ toirt taic don bheachd-bharail nach eil ach poilean a’ giùlan a’ phrìomh neach slis allele pàirt a ghabhail ann am fèin-thoradh. A bharrachd air an sin, a bharrachd air aon neach, bha an phenotyping cinnteach airson an eadar-dhealachadh eadar SI agus SC, a’ sealltainn gu bheil am protocol phenotyping a chaidh a chleachdadh làidir agus cha mhòr gun mhearachd.
Fhad ‘s a tha an 628 KB Slighe Chaluim chaidh eadar-ama air cromosome 12 a bha a’ giùlan an Sli-allele bho àireamh-sluaigh 17SC11 a lughdachadh gu eadar-ama tar-tharraingeach nas lugha de 169 KB ann an àireamh-sluaigh 18SC12, bha na h-amannan sin fhathast ro mhòr airson an Sli-gine aithneachadh. Mar sin, bha sinn ag amas air an eadar-ama anns an robh S / i a lughdachadh tro dhòigh sgrìonaidh ath-chuingealaichte. Gus lusan a chomharrachadh le ath-mheasadh anns an slis eadar-ama, rinn sinn genotyped 1374 17SC11 sìolaidhean le dà chomharra KASP air a’ chrìoch faisg air làimh agus dhà air a ’chrìoch astarach. Chomharraich sinn 81 sìol-chraobhan le ath-mheasadh eadar an dà chomharra as fhaide a-muigh agus thagh sinn an fheadhainn airson tuilleadh mapaidh grinn. Gus phenotypes gun teagamh fhaighinn, chuir sinn air adhart na genotypes sin gu fàsmhor agus rinn sinn an phenotyping air co-dhiù dà chlon airson gach genotype. Rinn sinn genotyped air na 81 ath-chuingealachaidhean le barrachd chomharran san eadar-ama agus chomharraich sinn dà ath-chuingealachadh fiosrachail a lughdaich an eadar-ama gu 27.37 KB anns an robh còig ginean le notaichean (Dàta Leasachail 1).
Gus an eadar-ama a lughdachadh tuilleadh, rinn sinn sgrìobadh air sìolaidhean 10165 eile bhon aon àireamh-sluaigh le ceithir comharran timcheall air an eadar-ama 27.37 KB seo agus chomharraich sinn 12 ath-chuingealachaidhean. Chaidh iad sin a ghineadh tuilleadh le 14 comharran eile san eadar-ama seo agus chomharraich sinn sia ath-chuingean fiosrachail a sheall phenotypes co-chòrdalachd soilleir. Dhaingnich dà ath-mheasgachadh le phenotype SC agus aon le phenotype SI crìoch astar an eadar-ama 27.37 KB, fhad ‘s a bha trì ath-chuingealachaidhean le phenotype SI a’ mìneachadh crìoch proximal ùr a lughdaicheas an eadar-ama gu dìreach 12.6 kb anns a bheil dà ghine, PGSC0003DMG400016861 agus PGD0003 Fig. 1c).
Gus an gine tagraiche a chomharrachadh a tha an urra ris an phenotype fèin-fhreagarrach, rinn sinn mion-sgrùdadh air an eadar-dhealachadh sreath airson an dà ghine sin ann an grunn loidhnichean buntàta diploid làn-genome ann an òrdugh (Dàta Leasachail 2). Le bhith a’ dèanamh coimeas eadar an eadar-dhealachadh sreath seo agus phenotypes SC/SI nan loidhnichean sin, chomharraich sinn a h-uile SNP agus INDELS (Dàta Leasachail 2) a bha sònraichte do SC. An uairsin, dh’ ainmich sinn le làimh a h-uile SNP neo-chiallach agus cho-dhùin sinn a bheil na h-ionadan aminoideach cumanta no gun samhail airson pròtanan coltach ris anns an Solanaceae. Tha gine tagraiche PGSC0003DMG400016861 a’ sealltainn sia luchd-ionaid aminoideach a tha sònraichte do SC agus gu sònraichte, cuir a-steach 533 bp suidhichte aig —108 bp bhon chòd tòiseachaidh, a’ moladh gu bheil an allele SC air faireachdainn atharrachadh an taca ris an allele SI. Stèidhichte air na sgrùdaidhean ginteil sin bha sinn a’ smaoineachadh gur e PGSC0003DMG400016861 an slis gine.
Gus dearbhadh a dhèanamh air a’ bheachd-bharail gu bheil Sli air a chuir an cèill ann am poilean, ghluais sinn poilean bho genotypes buntàta 10 SI agus 10 SC in vitro agus thug sinn a-mach RNA airson sreath RNA. Bhon dà ghine tagraiche a bha air fhàgail, cha deach ach gine tagraiche PGSC0003DMG400016861 a chuir an cèill, ach a-mhàin ann am poilean bho genotypes SC (Fig. 2a). A bharrachd air an sin, ann am planntrais heterozygous airson an tagraiche putative Sli gene, cha deach ach an allele Sli a chuir an cèill. Gu inntinneach, sheall ginean eile le poilean a bha faisg air an locus Sli air Chromosome 12 ìrean faireachdainn co-chosmhail ann an planntaichean SC agus SI (Fig. 2a). Mar sin, cho-dhùin sinn nach eil ach gine PGSC0003DMG400016861 air a chuir an cèill gu sònraichte ann an tiùban poilean de phlanntaichean SC.
Gus sgrùdadh a dhèanamh air cò às a thàinig an cuir a-steach 533 bp, rinn sinn sgrùdadh BLAST air an t-sreath 533 bp air NCBI. Gu inntinneach, tha sreathan a tha gu math coltach ris an cuir a-steach sònraichte Sli cumanta ann an sreath S. tuberosum inntrigidhean (Fig. 2b). A bharrachd air an sin, tha homology aig an cuir a-steach 533 bp gu sreath ann an S. pennellii. A’ cleachdadh an t-sreath bho S. pennellii mar cheist BLAST lorg sinn sreathan coltach ris ann an S. lycopersicum. Mion-sgrùdadh phylogenetic de na sreathan ann an S. tuberosum, S. pennellii agus S. lycopersicum buidhnean an S. pennellii sreath còmhla ris an S. lycopersicum agus aon S. tuberosum sreath, a' moladh gu bheil tùs cumanta aca (Fig. 4a). Bha sinn a’ smaoineachadh gu bheil an cuir a-steach a’ tighinn bho eileamaid tar-ghluasadach (TE). Chruthaich sinn graf dot-plot bhon t-sreath 533 bp agus thug sinn an aire gun robh ath-chraolaidhean beaga inverted anns an t-sreath (Fig. 4b a bharrachd). Chuir sinn a-steach an cuir a-steach 533 bp gu BLAST an aghaidh stòr-dàta planntrais MITE, a’ leantainn gu grunn bhuillean bho theaghlach MITE DTA_Sot42 ann an S. tuberosum15, a’ nochdadh gu bheil an cuir a-steach 533 bp ann an neach-adhartachaidh de slis gu dearbh tha e a' tighinn bho TE (Fig. 4c).
Gus dearbhadh a bharrachd gu bheil PGSC0003DMG400016861 gu dearbh slis, dhealbhaich sinn structar abairt anns an robh na h-exons de allele SC de slis eadar an neach-adhartachaidh dùthchasach agus an neach-crìochnachaidh (Fig. 3a) ann an vector pBINPLUS (pBINPLUS-Sli). Chleachd sinn an togail seo gus dà genotypes SI atharrachadh bho bhith a’ mapadh àireamh-sluaigh 18SC12. Rinn sinn phenotyped air dhà gu sia clones bho gach aon de chòig transgenics neo-eisimeileach a thàinig bho genotype SI B666, agus trì transgenics a thàinig bhon genotype SI B667.
Bidh clones bho shia transgenics neo-eisimeileach gu furasta a’ suidheachadh dearcan air fèin-phoileanachadh (Dàta Leasachail 3). A bharrachd air an sin, sheall microscopy fluorescence gun robh poilean bho slis Bidh planntrais transgenic a’ fàs nas doimhne a-steach do fhèin-stoidhlichean na smachdan neo-chruthaichte (Fig. 3b, c). Fhuair sinn sgòr de fhàs tiùba poilean ann an 442 fèin-poileanachadh a-steach slis transgenics agus 179 fèin-poileanachadh ann an smachdan gun atharrachadh air sgèile 0-4. Ràinig a’ mhòr-chuid de phìoban poilean na h-uarbhran sa mhòr-chuid slis transgenics, an taca ri dìreach bloigh glè bheag de na smachdan, a’ nochdadh gur e PGSC0003DMG400016861 an slis gine.
An uairsin, dhealbhaich sinn togalach CRISPR-Cas9 a’ còdachadh ceithir gRNAn ag amas air a’ chiad exon de PGSC0003DMG400016861 (pAGM: CRISPRASli, Fig. 3a). Dh’atharraich sinn dà genotypes SC (B665 & B663) leis an togail seo agus fhuair sinn 149 ath-ghinealach cruth-atharraichte. Rinn sinn an uairsin mion-sgrùdadh air an exon cuimsichte a’ cleachdadh DUILLEAG gus INDELs air an adhbhrachadh le CRISPR-Cas9 a chomharrachadh. Gu mì-fhortanach, bha èifeachdas ìosal aig pAGM:CRISPRASli vectar, cha do sheall ach sia de na 149 ath-ghinealach INDELs ann an slis (Fig. 3d). Tha còig de na loidhnichean CRISPR-Cas9 sin heterozygous airson na INDELn, ach tha aon loidhne, B665ASli-2, homozygous airson INDEL beag. Fhad ‘s a tha B665 neo-chruthaichte gu furasta a’ suidheachadh fèin-dearcan agus a ’nochdadh fàs tiùba fèin-mholaidh math tro 105 stoidhle a chaidh fhaicinn, chan eil B665ASli-2 a’ suidheachadh dearcan air fèin-poileanachadh agus chan urrainn dha am poilean fàs tro 78 stoidhlichean a chaidh fhaicinn (Fig. 3b, c agus Dàta Leasachail 3), a’ toirt seachad tuilleadh fianais gu bheil PGSC0003DMG400016861 gu dearbh na slis gine.
Ann an siostaman fèin-fhreagarrachd gametophytic stèidhichte air S-RNase, tha fèin-thorrachadh air a chasg le S-RNases pistil a tha a’ dol a-steach do phìoban poilean agus a’ toirt buaidh cytotoxic air fèin-phoilean no poilean sam bith eile aig nach eil bogsa S-Locus F co-ionnan (SLF). ) pròtain. Tha tar-thorrach air a chomasachadh le pròtanan SLF a tha air an cur an cèill le poilean a dh’ aithnicheas agus a dhì-mholaicheas S-RNases neo-fhèin. Bidh gach S-allele a’ còdachadh ioma SLF a dh’ aithnicheas gach aon dhiubh S-RNase eadar-dhealaichte, agus còmhla aithnichidh iad a’ mhòr-chuid de S-RNase a tha an làthair ann am buntàta ach a-mhàin an S-RNase air a chòdachadh air an aon S-allele. Bidh Sli a’ còdachadh pròtain bogsa-F PP2-B10, anns a bheil raon bogsa-F ceangailte ri àrainn lectin. Tha fios gu bheil raointean lectin ag eadar-obrachadh le gualaisg, agus is dòcha gum bi iad comasach air eadar-obrachadh le pròtanan glycosylated16. A bharrachd air an sin, thathas air sealltainn gu bheil S-RNases glycosylated17. Tha sinn a’ smaoineachadh gu bheil an cuir a-steach 533 bp ann an neach-adhartachaidh an allele SC de Sli a’ comasachadh faireachdainn ann am poilean, far a bheil e comasach dha Sli fèin-S-RNases a cheangal agus a dhì-ghalarachadh, a’ leantainn gu call grèim fàs tiùba fèin-phoilean agus mar sin fèin-fhreagarrachd. Lorg sgrùdadh mionaideach air gnìomhachd MITE ann am buntàta le Laimbeer gu robh 2% de chuir a-steach MITE faisg air roinnean gnèitheach co-cheangailte ri atharrachaidhean ann an abairt gine.
A bharrachd air an sin, a-mach à cuir a-steach hAT a chaidh a dhearbhadh ann an 1935 faisg air roinnean gnèitheach, dh’ adhbhraich 13 an gine co-cheangailte ris, a’ nochdadh gun robh an abairt atharraichte a thaobh poilean sònraichte de slis dh’ fhaodadh gu dearbh a bhith air adhbhrachadh leis an cuir a-steach 533 bp san neach-adhartachaidh aige18. Ach a dh’ aindeoin sin, tha feum air tuilleadh rannsachaidh gus èifeachd a’ bharail seo a dhearbhadh.
Roimhe sin, chleachd Clot et al dòigh mapaidh K-mer segregant bulked gus eadar-ama 333 kb a chomharrachadh air cromosome 12 anns am feumar Sli a shuidheachadh.19. An seo, mhapadh sinn an locus Sli chun an aon roinn de chromosome 12 ann an àireamh-sluaigh F1 agus chleachd sinn sgrìonadh ath-chuingealaichte gus an eadar-ama a lughdachadh gu 12.6 KB anns an robh 2 ghine. Nochd mion-sgrùdadh faireachdainn gu bheil allele SC aon de na ginean sin air a chuir an cèill gu sònraichte ann am poilean bho genotypes SC. Mu dheireadh, a’ cleachdadh abairt transgenic agus bualadh a-mach air a bhrosnachadh le CRISPR-Cas9, tha sinn a’ sealltainn le cinnt gur e Sli a th’ ann am PGSC0003DMG400016861. Ged a sheall an sgrùdadh le Laimbeer gum faod MITEn ginean faisg air làimh ath-riaghladh ann an dòigh a tha sònraichte do stuth, tha feum air barrachd rannsachaidh gus dearbhadh gur e làthaireachd an MITE anns an neach-adhartachaidh Sli as coireach ris an abairt a tha sònraichte dha poilean.
Anns na stuthan a chaidh an sgrùdadh san sgrùdadh seo (Dàta Leasachail 4), cha b’ urrainn dhuinn aithisgean nas tràithe a dhearbhadh mu bhàsmhorachd co-cheangailte ri homozygosity airson Sli, leis gun do lorg sinn planntaichean ion-dhèanta F2 homozygous airson Sli a bha comasach air dearcan a shuidheachadh (Dàta Leasachail 1).12>20. A bharrachd air an sin, tha na sreathan genome den loidhne inbred Solyntus, a bharrachd air an loidhne inbred M6, a’ sealltainn gu bheil an dà loidhne sin homozygous airson Sli, a’ nochdadh nach eil homozygosity airson Sli fhèin marbhtach, ged a tha e fhathast comasach gum bi bàs ann. tha allele ceangailte gu ginteil ri Sli ann an sinnsear air a thoirt air falbh tro ath-mheasgachadh anns na genotypes sin21'22. Ach, bhon dàta a chaidh a chruthachadh san sgrùdadh seo, chan urrainn dhuinn casg a chuir air a’ chomas gu bheil an saobhadh sgaraidh a chaidh fhaicinn anns an t-sluagh F2 air adhbhrachadh le allele marbhtach ceangailte ann an ìre ri allele SI de Sli. Gu ruige seo, chan eil e soilleir an urrainn dha Sli fhèin S-RNases aithneachadh agus detoxify gu dìreach. A bharrachd air an sin, chan eil e soilleir a bheil Sli a’ leantainn gu fèin-fhreagarrachd anns a h-uile genotypes S-locus. Tha e comasach nach urrainn dha cuid de S-alleles bacadh a chuir air Sli. Tha feum air tuilleadh rannsachaidh gus a’ cheist seo fhuasgladh.
Fhad ‘s a tha comharrachadh Sli a’ comasachadh tuilleadh briodadh tar-chinealach stèidhichte air loidhne inbred a ’cleachdadh buntàta diploid, tha cnapan-starra eile ann fhathast. An toiseach, gu sònraichte, tha buntàta diploid a’ fulang le trom-inntinn inbrieding, a tha a’ leantainn gu nas lugha de spionnadh agus torachas nuair a thig iad a-steach. Tha a bhith a’ glanadh alleles millteach le bhith a’ toirt fèin-thorachadh leantainneach air loidhnichean buntàta diploid na dhòigh èifeachdach air trom-inntinn in-briodachaidh a lughdachadh agus tha e air leantainn gu bhith a’ gineadh loidhnichean buntàta a tha an ìre mhath làidir agus torrach.2'23-25. San dàrna àite, tha an tabhartaiche de Sli a chaidh a chleachdadh san sgrùdadh seo, DS, a’ tighinn bho S. cacoense aontachas, a dh’ fhaodadh leantainn gu cùisean le slaodadh ceangail de alleles millteach bho S. cacoense. Anns a’ phrògram briodachaidh diploid de Solynta, chan eil sinn a’ faicinn cùisean follaiseach mar thoradh air alleles millteach a’ tighinn bho S. chacoense. A bharrachd air an sin, nochd sgrùdadh o chionn ghoirid air fèin-fhreagarrachd gu bheil k-mers sònraichte SC mar-thà an làthair ann an grunn àiteachas tetraploid, a ’toirt seachad slighe gus faighinn seachad air an tarraing ceangail seo gu tur le bhith a’ cleachdadh dihaploids air an gineadh bho na h-àiteachasan sin mar luchd-tabhartais Sli.19.
Dòighean-obrach
Stuthan lusan. Tha a h-uile stuth planntrais cleachdte air a liostadh ann an Dàta Leasachail 4
Suidheachadh taigh-glainne. Chaidh a h-uile lus fhàs ann an taighean-glainne a chaidh a theasachadh nuair a thuit an teòthachd fo 14 ° C agus fhuarachadh le bhith a ’fosgladh na h-uinneagan nuair a chaidh an teòthachd suas os cionn 19 ° C. Chuir solais fuadain ris an t-solas nàdarra nuair a thuit an dian solais fo 85 W / M2. Chaidh planntrais fhàs ann am measgachadh sònraichte de bhuntàta de bhuntàta bho Lentse Potgrond (Lentse Potgrond BV, Katwijk, an Òlaind). Tha am measgachadh substrate a thathar a’ cleachdadh air a dhèanamh a-mach à measgachadh mònach airson gabhail uisge cothromach, todhar bunaiteach slaodach, agus aol gus dèanamh cinnteach gu bheil an ìre pH a tha a dhìth. Chaidh am measgachadh substrate a thàthachadh le bhith a’ cleachdadh fuasgladh 20:20:20 Nitrogen: Phosphorus: Potassium le seoltachd dealain (EC) de 1.5.
Measadh air fèin-fhreagarrachd. Bha flùraichean is gucagan air an cunntadh uair san t-seachdain agus chaidh spionnadh a sgòradh uair sa mhìos air sgèile bho 1 gu 9 le 1 na lus air leth neo-làidir, agus 9 na lus air leth làidir. Chaidh poilean bho iomadh flùr bho aon lus a chruinneachadh ann an tiùb Eppendorf agus a chleachdadh sa bhad airson fèin-phoileanachadh air na h-aon fhlùraichean le suas ri 10 flùraichean gach plannt gach seachdain. Bha lusan a bha a 'suidheachadh barrachd air dà fèin-dearcan anns an robh co-dhiù 35 sìol gach fèin-dearcan air an seòrsachadh mar fèin-fhreagarrach. Gus torrachas boireann a dhearbhadh, bha planntaichean air am poileanachadh le poilean mòr bho co-dhiù trì genotypes neo-cheangailte. Bha planntrais nach do shuidhich fèin-dearcan às deidh co-dhiù 10 fèin-poileanachadh, ach a shuidhich co-dhiù aon dearc-luachrach agus a sheall poilean torrach ann an mion-sgrùdadh microscopach air stoidhlichean fèin-poileanachaidh air an seòrsachadh mar fèin-neo-fhreagarrach. Airson 40 genotypes bho na h-àireamhan mapaidh anns an robh an dàta seata dearcan is sìol neo-chinnteach (17SC11: n = 14, 18SC11: n = 7, 18SC12: n = 19), bha seòrsachadh phenotypical stèidhichte air fàs tiùb fèin-phoilean tro na stoidhlichean (air a chomharrachadh ann an Dàta Leasachail 1).
Dealbh stoidhle. Gus fàs tiùba poilean fhaicinn, chaidh stoidhlichean poileanachaidh a thoirt air falbh 24-48 h às deidh poileanachadh agus an uairsin a shuidheachadh ann an ethanol 3: 1: searbhag acetic airson co-dhiù 24 h. Chaidh na stoidhlichean an uairsin a mhacadh ann an 8M NaOH airson 10 min aig 65 ° C agus an nighe dà uair le uisge deionized. Chaidh stoidhlichean a chuir air sleamhnagan microscopy agus an dath airson 2-5 min a’ cleachdadh 0.1% Aniline blue (Carl Roth GmbH) ann an 0.1MK4P2O7 (pH = 7), an uairsin air a bhrùthadh ann an glycerol a’ cleachdadh còmhdach-còmhdaich agus air fhaicinn a’ cleachdadh miocroscop fluorescence Zeiss Axiolab a’ cleachdadh seata sìoltachain 01 (BP 365/12, FT 395 agus LP 397). Chaidh a h-uile stoidhle a choimhead agus a sgòradh a’ cleachdadh dà pharamadair: (1) an dol-a-steach as doimhne a-steach don stoidhle, mar a chaidh a chuir an cèill anns a’ cheudad den dol-a-steach as àirde, (2) % de phìoban poilean a’ ruighinn an ìre as doimhne. Thionndaidh sinn an uairsin na ceudadan sin gu sgèile 0-4, far an d’ fhuair stoidhlichean anns nach do ràinig pìoban poilean an uamhraidh sgòr 0, stoidhlichean anns an d’ fhuair eadar 0 agus 25% de phìoban poilean sgòr de 1, stoidhlichean anns an robh eadar 25 agus fhuair 50% de phìoban poilean an uamhraidh sgòr de 2, fhuair stoidhlichean anns an do ràinig eadar 50 agus 75% de phìoban poilean an uamhraidh sgòr de 3, agus stoidhlichean anns an do ràinig còrr air 75% de phìoban poilean an uamhraidh. sgòr de 4.
A ’faighinn ìomhaigh. Chaidh stoidhlichean taghte a dhealbhadh le bhith a’ cleachdadh miocroscop Zeiss Axiophot le seata sìoltachain 01, a’ cleachdadh Zeiss AxioCam ICc 5. Chaidh na h-ìomhaighean a dhèanamh a’ cleachdadh pasgan bathar-bog Zeiss Zen 2.3 (deasachadh gorm). Rè togail, chaidh na roghainnean atharrachadh gus cùl-fhiosrachadh a lughdachadh. Chaidh ìomhaighean a dhealbhadh a’ cleachdadh an amas x5 agus chaidh an sàbhaladh mar fhaidhlichean TIFF le rùn de 2464 x 2056 piogsail le doimhneachd 24-bit. Chaidh suas ri ochd ìomhaighean eadar-dhealaichte an uairsin a chruinneachadh le bhith a’ cleachdadh inneal-cruinneachaidh ìomhaighean Panavue. Chaidh iomsgaradh agus soilleireachd nan stoidhlichean cruinnichte atharrachadh gus Figs a chruthachadh. 1a agus 3c.
às-tharraing DNA. Airson mion-sgrùdadh KASP air na h-àireamhan mapaidh, chaidh sampallan duille a chuir gu VHLGenetics (Wageningen, An Òlaind) airson às-tharraing DNA a’ cleachdadh innealan sbeadex ™ (LGC Genomics GmbH, Berlin, a’ Ghearmailt) a rèir a’ phròtacal a thug an neach-dèanamh seachad.
Mion-sgrùdadh KASP. Chaidh mion-sgrùdadh PCR sònraichte allele (KASP ™) a dhèanamh le VHLGenetics (Wageningen, An Òlaind) a’ cleachdadh measaidhean KASP a chaidh a dhealbhadh gus a bhith sònraichte airson SNPn a bhios a’ sgaradh nar stuthan. Chaidh measaidhean KASP a dhèanamh a rèir a’ phròtacal a thug an neach-dèanamh seachad (LGC Genomics GmbH, Berlin, a’ Ghearmailt). Chaidh toraidhean bho mheasaidhean KASP fhaicinn le bhith a’ cleachdadh SNPviewer (ri fhaighinn aig lgcgroup.com/products/genotyping-software/snpviewer) gus sgaradh ceart agus gairm genotype a dhearbhadh.
Mion-sgrùdadh ceangail. Chaidh haplotypes de phàrantan boireann fèin-fhreagarrach ath-chruthachadh bhon dàta genotype le bhith a’ dèanamh anailis air ìrean ath-mheasgachaidh eadar diofar SNPn. Chaidh an dàta seo a chleachdadh gus gairmean an SNP a thionndadh gu cruth “axb”, far a bheil an haplotype “a” ceangailte ri allele fèin-fhreagarrach Sli, fhad ‘s a tha an haplotype“ b ”co-cheangailte ri allele fèin-fhreagarrach de Sli. Chaidh mapaichean ceangail a chruthachadh a’ cleachdadh Joinmap 4.126 le seòrsa sluaigh DH agus roghainnean bunaiteach.
Mapaichean QTL. Chaidh an dàta phenotype atharrachadh gu feart àireamhach le bhith a’ sònrachadh 1 do gach genotype fèin-fhreagarrach, 0 do gach genotype fèin-fhreagarrach, agus * gu genotypes far nach b’ urrainnear co-chòrdalachd a dhearbhadh. Chaidh mapadh QTL a dhèanamh a’ cleachdadh mapadh eadar-ama ann am MapQTL27. Chaidh toraidhean MapQTL a chleachdadh gus plotaichean QTL a ghineadh le Mapchart 2.328.
Mion-sgrùdadh bith-fhiosrachail. Gus modalan gine ceart a chomharrachadh anns a’ chiad eadar-ama 27.37 kb, rinn sinn sgrùdadh air dà nota gine fa leth airson an genoma iomraidh DM4.04, an nota PGSC, agus an nota ITAG. Faic cuideachd Hirsch et al.29. Gus dearbhadh dè cho ceart ‘s a tha na notaichean, rinn sinn rannsachaidhean BLASTp leis na sreathan pròtain a bha dùil bhon dà nota. Le bhith a’ dèanamh coimeas eadar na buillean as fheàrr ann an sgrùdadh BLASTp ris a’ cheist againn, cho-dhùin sinn an robh a h-uile exon agus raon le notaichean anns an t-sreath pròtain a bha dùil a’ faighinn taic bho phròtainean coltach ris ann am buntàta agus gnèithean planntrais eile. A bharrachd air an sin, leabharlannan RNA-seq a tha rim faighinn gu poblach air SPUD DB (ri fhaighinn aig solanaceae.plantbiology.msu.edu/cgi-bin/gbrowse/potato/) agus neach-seallaidh dàta genome NCBI (ri fhaighinn aig ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv / brobhsair/) a chleachdadh gus faighinn a-mach an robh fianais faireachdainn aig exons tuairmeasach. Còmhla, leig an dà dhòigh-obrach seo leinn structaran intron-exon nam modalan gine a dhearbhadh anns an dà nota, a’ leantainn gu roghainn fiosraichte airson aon no barrachd isoforms de mhodalan gine gus an gine sin a riochdachadh. Stèidhichte air na dòighean-obrach sin, bhathas ag aithneachadh gine tagraiche PGSC0003DMG400016862 mar rud a dh’ fhaodadh a bhith ann am pàirt agus gu ìre mhòr air a chuir an cèill agus air a chuir air falbh bho tuilleadh mion-sgrùdaidhean. Bha am modail gine Sotub12g029970 air a mheas ceart, fhad ‘s a tha coltas ann gu bheil a bhuidheann PGSC PGSC0003DMG400016860 air a lughdachadh. Leis gu bheil e suidhichte gu ìre mhòr taobh a-muigh an eadar-ama ainmichte, agus nach b’ urrainnear ionadan amino-aigéid iomchaidh a chomharrachadh eadar planntaichean SC agus SI, chaidh an gine seo a chuir air falbh bho sgrùdaidhean eile.
Mion-sgrùdadh caochlaideachd. Gus mùthaidhean a chomharrachadh anns an eadar-ama 27.37 kb a tha sònraichte airson genotypes fèin-fhreagarrach chaidh a h-uile SNP àrd-mhisneachd (Dàta Leasachail 3) a dhearbhadh a bha (1) homozygous ann an DS, 17SC100-18 agus 17SC100-2 (seach gu bheil na trì homozygous airson an allele SC de Sli (Sli/Sli')'), (2) homozygous eadar-dhealaichte ann an D16 (seach gu bheil D16 homozygous airson allele SI de Sli (sli/sli)), agus (3) heterozygous anns gach cuid 16HP1-66 agus 17SC25-8 (seach gu bheil an dà chuid heterozygous airson SC allele Sli (Sli). /sli)). Chaidh an t-sreath allelic fhaighinn le co-chruinneachadh de novo a’ cleachdadh dreach SPAdes 3.11.130 de dhàta Illumina deireadh paidhir 150 nt de na lusan a tha air an liostadh gu h-àrd (timcheall air doimhneachd sreath 25-30X). Bha contigs mar thoradh air an co-thaobhadh ris an iomradh DM (a’ cleachdadh minimap2 dreach 2.1) agus air an sìoladh dhaibhsan a bha gu h-earbsach a’ co-thaobhadh ris an 27 kb. Bho na contigs co-thaobhadh sin, chaidh atharrachadh an coimeas ri DM4.03 a thomhas gu sìmplidh (a’ cleachdadh an subroutines mpileup agus gairm bho bcftools, dreach 1.9) agus air a liostadh anns an Variant Call Format (VCF).
Mion-sgrùdadh air atharrachadh amino acid. Bhon liosta seo de mhùthaidhean sònraichte SC, chaidh a h-uile SNP neo-chiallach a chomharrachadh le bhith a’ dol an-sàs leis na h-eisimpleirean còdaidh ainmichte. Chaidh na h-atharrachaidhean aminoideach an coimeas ri sreath DM no SI a chlàradh. Chaidh atharrachaidhean sònraichte aminoideach a chomharrachadh le bhith a’ dèanamh rannsachaidhean BLASTp a’ cleachdadh an t-sreath pròtain agus a’ coileanadh co-thaobhadh ioma-sreath a’ cleachdadh na prìomh bhuillean 100 BLASTp.
Atharrachadh ann an roinnean adhartachaidh agus crìochnachaidh. Chaidh an roinn adhartachaidh a thaghadh mar an t-sreath suas an abhainn den chodon tòiseachaidh gus an tèid an t-sreath còdaidh den ghine suas an abhainn le suas ri 1500 nt. Chaidh eadar-dhealachadh mòr ann an roinnean adhartachaidh a lorg taobh a-staigh an eadar-ama 27.37 kb, agus b’ e a’ mhòr-chuid dhiubh sin grunn chuir às nas motha agus cuir a-steach deichean gu ceudan de nucleotides de dh’ fhaid. Chaidh a h-uile eadar-dhealachadh anns an eadar-ama Sli, an coimeas ri DM, fhaighinn, a’ toirt a-steach an roinn adhartachaidh / suas an abhainn a bharrachd air an roinn crìochnachaidh / sìos an abhainn.
Togail agus ginideachadh poilean. Poilean bho na genotypes a tha air an liostadh ann am Fig. 2a chaidh fhaighinn le bhith a’ crathadh flùraichean fosgailte a’ cleachdadh bruis fhiaclan dealanach agus a’ cruinneachadh a’ phoilean ann an tiùban 1.5 ml Eppendorf. Às deidh an togail, chaidh am poilean a thiormachadh le bhith a’ stòradh phìoban fosgailte Eppendorf le poilean ann am bogsa ròin èadhair anns an robh gel silica airson 24 h aig teòthachd an t-seòmair. Às deidh sin, chaidh am poilean a stòradh aig -20 ° C gus an tèid a chleachdadh a bharrachd.
Chaidh poilean a ghineadh le bhith a’ cuir stad air 2.5 mg de phoilean tiormaichte ann an 5 ml de shiùcair meadhanach leaghaidh (9% (w / v), 50 mg / l searbhag Boric, 73.5 mg / l CaCly2H2O, 118 mg/l Ca (NO3)24h2O, 123 mg/l MgSO.4VH2O) ann an trast-thomhas 3.5 cm soithichean Petri air an seuladh le parafilm. Chaidh am poilean fhàgail gus germachadh anns na soithichean Petri airson 24 h anns an dorchadas ann an goireadair crathadh aig teòthachd an t-seòmair agus air chrith aig 125 RPM. Chaidh am meadhan liùlach anns an robh am poilean germinated an uairsin a phìobadh gu faiceallach a-steach do phìoban 2 ml Eppendorf a’ cleachdadh molaidhean pìobaireachd a chaidh atharrachadh gus meud an fhosglaidh àrdachadh gus nach milleadh iad na tiùban poilean. Chaidh na tiùban Eppendorf an uairsin a mheadhanachadh aig 600xg airson 1 min agus chaidh am meadhan a thoirt air falbh gu faiceallach le bhith a’ pìobadh. Chaidh am pellet agus cuid de mheadhan a bha air fhàgail an uairsin a reothadh sa bhad ann an nitrigin leaghaidh, chaidh dà ghrìog de stàilinn gun staoin (trast-thomhas 2 mm) a chur ris agus chaidh na sampallan a bhleith le bhith a’ cleachdadh TissueLyser II (Qiagen GmbH, Hilden, A’ Ghearmailt) aig 20 Hz airson 1 min.
Às-tharraing RNA agus sreath. Chaidh Buffer RLT (Qiagen GmbH) a chur ris na sampallan poilean grinded fhad ‘s a bha iad a’ dèanamh cinnteach gu robh na sampallan fhathast reòta. Chaidh às-tharraing RNA an uairsin a dhèanamh a’ cleachdadh an uidheamachd bheag RNeasy a rèir protocol an neach-dèanamh (Qiagen GmbH, Hilden, a’ Ghearmailt). Chaidh na leabharlannan cDNA meud cuir a-steach 250-300 bp a chuir ann an òrdugh mar leughaidhean deireadh paidhir 150nt, a’ toirt a-mach 30-42 millean paidhir leughaidh gach sampall (Novogene, Cambridge, An Rìoghachd Aonaichte).
Seataichean dàta RNA-seq eile. Gus sealladh farsaing a chruthachadh air ìrean faireachdainn (sònraichte le inneal), bidh a h-uile seata dàta RNA-seq le òrdugh paidhir air a chomharrachadh mar ORGANISM "Sola-num tuberosum" a luchdachadh sìos bhon raon phoblach (NCBI-SRA, ceann-latha 2018/17/13), gu h-iomlan 441 seataichean dàta fastq càraideach. Bho na seataichean dàta poblach 441 seo, chaidh 3 a chruthachadh bho stuth stoidhle (SRR7402817-SRR7402819) agus a h-uile càil eile bho dhiofar stuthan neo-phoilean, ìrean leasachaidh, agus ruigsinneachd phlanntaichean.
Co-chruinneachadh iomraidh Solyntus. Airson mion-sgrùdadh faireachdainn, chaidh an dreachd co-chruinneachadh a chaidh fhaighinn o chionn ghoirid de loidhne iomraidh homozygous Solyntus (dreach 1.0, luchdachadh a-nuas aig www.plantbreeding.wur.nl/Solyntus/) air a chleachdadh mar genoma iomraidh. Tha Solyntus na mheasgachadh homozygous gu ìre mhòr air a chruthachadh mar phàirt de phrògram briodachaidh Solynta21. Chaidh na h-amannan mapaidh san sgrùdadh seo a cho-chruinneachadh bho cho-chruinneachadh genome DM v4.0331 gu co-chruinneachadh genoma Solyntus 1.0 le rannsachaidhean coltachd bunaiteach (a’ cleachdadh BLASTn agus bedtools) ri lorg aig (co-chomharran co-chruinneachadh genome Solyntus 1.0) 53532708-53954293 (Eadar-ama I, 421.6kb < -628.9, 53683239, 53867377, 184.1, 168.7kb) kb< - 53731620kb), 53763003-31.4 (Eadar-mheadhan III, 27.4kb< —53753977kb) agus 53763003-9.0 (Eadar-ama IV, 12.6kb < -1.0 kb), fa leth. Eadar camagan tha an àireamh eadar-ama mapaidh leantainneach [co-chomharran Solyntus 1.0], meud ann an Solyntus-4.03, agus meud ann an DM-4.04/4.03, fa leth. Tha na h-amannan uile suidhichte air cromosome ST12ch12_RaGOO (mar chromosome 1.0) agus chan eil beàrn singilte ann an co-chruinneachadh Solyntus 4.03. Tha atharrachadh meud eadar-amail air adhbhrachadh le mòran bheàrnan (N) anns an t-sreath DM co-fhreagarrach agus eadar-dhealachadh mòr eadar an dà genomes. Ùinean co-fhreagarrach air genoma DM (DM-4.04/12): Eadar-ama I: chr58601503: 59230363-12, Eadar-ama II: chr58962004: 59130723-59016142; Eadar-ama III: 59043512-12; Eadar-ama IV: chr59030880: 59043512-XNUMX.
Chaidh nota gine air Solyntus 1.0 a thoirt a-steach bho thrì catalogan gine sònraichte (buntàta DM4.03, ITAG4.0 Tomato Genome Annotation Release de Sultain 6, 201932, agus Pepper-v. 1.5533), a chaidh a mhapadh air co-chruinneachadh Solytus le bhith a’ cleachdadh GeMoMa (v1.6.1). Chaidh seo a dhèanamh gus dìoladh a dhèanamh airson neo-fhoirfeachd ann an catalogan gine fa leth agus gus ar mothachadh àrdachadh gu bheil ginean comasach agus/no loci air an cur an cèill.
Meud leughaidh-leughaidh RNA-seq agus tar-sgrìobhadhfication. Chaidh a h-uile 5 SC, 3 SI, agus na 441 seataichean dàta poblach RNA-seq a mhapadh gu genoma iomraidh Solyntus a’ cleachdadh hisat2 (dreach 2.1.0). Chaidh an catalog gine tar-chinealach a fhuaireadh a’ cleachdadh GeMoMa a chleachdadh airson tuairmse pailteas air a stiùireadh le tar-sgrìobhadh a’ cleachdadh StringTie (dreach 2.1.1) le roghainnean -t -c 5 -f 0.05 -G agus faidhle Solyntus1.0 gff co-cheangailte le GeMoMa. A h-uile abairt a chaidh fhaicinn ann an eadar-ama 500 kb timcheall air an slis chaidh locus mar ionad a mheasadh, anns a bheil eadar-ama iomlan de loci gine 90 (toradh). Dhaingnich sinn nach robh faireachdainn follaiseach sam bith ann an sampallan SC taobh a-muigh gin de na loci gine sin. Anns an eadar-ama 500 kb, chomharraich sinn an àireamh nas lugha an dèidh sin de ghinean thagraichean nuair a bha sinn a’ dol tarsainn air na h-amannan mapaidh againn I-IV mar a chaidh a mhìneachadh gu h-àrd.
Confirmation de haplotype-specific cainnt. Bho 90 a chaidh a chuir an cèill anns an eadar-ama 500 kb, cha deach ach 8 a chuir an cèill os cionn stairsneach taghte de 20 FPKM anns a h-uile sampall SC / SI. Chleachd sinn na làraich sin gus eadar-dhealachaidhean ìre faireachdainn haplotype-sònraichte (Sli no sli) a thomhas. Leig an stairsneach abairt a chaidh a thaghadh le doimhneachd leughaidh gu leòr gus an abairt a thionndadh gu (aig a’ char as motha) 2 haplotypes aig a’ cheann thall agus gu earbsach. Còmhla ris an locus PSC fhèin (aig nach eil faireachdainn ann an lusan SI), chaidh na loci 8 + 1 seo a haplotyped anns gach aon de na sampallan 8 (dreach ìre SAMtools 1.7, roghainnean bunaiteach). Chaidh na faidhlichean fastq haplotyped (càraid) a thàinig às a sin a chruinneachadh le bhith a’ cleachdadh SPAdes (dreach 3.11.1). Chaidh na contigs a thàinig às a sin a shìoladh airson pailteas gu leòr agus bhathas an dùil mRNAn làn-fhad, a rèir a’ phrìomh (haplotyped) isoform air a chuir an cèill. Ann an cuid de chùisean, thug seo air falbh isoforman a bha air an splicadh eile, agus cha robh gin dhiubh a’ faighinn taic bho leughaidhean gu leòr airson a bhith cudromach gu bith-eòlasach. Chaidh an eadar-dhealachadh anns na sreathan mRNA haplotyped seo a chleachdadh gus (dis) dearbhadh an deach aon no an dà haplotypes a chuir an cèill anns gach aon de na loci / sampaill co-fhreagarrach.
Dealbhadh de slis togail abairt. Chleachd sinn an t-sreath den lus tabhartais Sli DS gus an caisead abairt Sli a dhealbhadh. Gus leigeil le faireachdainn dùthchasach PSC, thog sinn sreath searbhag niuclasach a’ toirt a-steach an neach-adhartachaidh dùthchasach (1563 bp suas an abhainn bhon chòd tòiseachaidh), na trì exons, agus an inneal-crìochnachaidh dùthchasach (740 bp sìos an abhainn bho stad codon). Mar sin, chaidh an dà intron a thoirt a-mach às an PSC gine de lus tabhartais DS. Chaidh an t-sreath seo a cho-chur agus a chlò-bhualadh ann am pBINPLUS le Genscript (Genscript Biotech, Leiden, an Òlaind). Tha sinn a’ toirt iomradh air an vectar anns a bheil an slis cuir a-steach mar pBINPLUS-Sli.
Togail CRISPR-Cas 9 vector. Dhealbhaich sinn ceithir gRNAn stèidhichte air an t-sreath de PGSC0003DMG400016861 ann an DM4.03 ann an àiteachan far nach robh eadar-dhealachadh sam bith eadar alleles SC agus SI an làthair. Airson taghadh de stiùiridhean iomchaidh agus togail an vectar, chleachd sinn an dòigh a mhìnich Santillan Martinez et al.34. Ann an ùine ghoirid, chaidh ceithir sgRNAn a thaghadh a rèir an stiùiridh a mhìnich Liang et al.35. Chaidh an inneal ro-innse targaid CC-Top CRISPR/Cas9 a chleachdadh gus liosta de sgRNAn a ghineadh36, chaidh pasgadh a mheasadh a’ cleachdadh frithealaiche lìn Mfold37, agus chaidh gnìomhachd nan sgRNAn a ro-innse a’ cleachdadh an sgorraiche sgRNA38. Chaidh na treòrachadh a leanas a thaghadh agus a chleachdadh gus an vectar pAGM a thogail: CRISPRASli: exon5.1T01 (ATTTCATCCGCGATCTCTCGGGG), exon5.1T04 (GATTTCA TCCGATCTCTCTCGGG), exon5.1T06 (TATTTCCTATTGCTACCAGAAGG), agus exonTG5.1. Chaidh an structar CRISPR an uairsin a cho-chur le bhith a’ cleachdadh plasmids a fhuaireadh bho Addgene: pICH07 (teamplaid airson leudachadh); pICSL86966 (ìre 01009 plasmid); pICH0, pICH47751, pICH47761, pICH47772 agus pICH47781 (plasmids ìre 47732); pICH1 (ceangail airson ceithir iùil); agus pAGM41822 (vector binary ìre 4723). Chaidh am plasmid a chlò-bhualadh le bhith a 'cleachdadh E. coli Chaidh DH5a agus plasmid fìor-ghlan a chuir a-steach airson sreath a’ cleachdadh primers PDS5843 (TTTGTGATGCTCGTCAGGGG), PDS8535 (CCGAGAATTATGCAGCATT TT) PDS8536 (TCATCAGTCAATTACGGGGCT), agus AL717 (GCTTGGCATC AGACAAACCGG) gus dearbhadh a dhèanamh air a h-uile co-phàirt agus làthaireachd ceart CasNP.
Cruth-atharrachadh pBINPLUS-Sli agus am pAGMzCRISPRASleamhnachadh vector a-steach Agrobacterium tumefaciens. Dh'atharraich sinn pBINPLUS-Sli gu A. tumefaciens strain AGL0 agus pAGM:CRISPRASli a-steach gu A. tuimefaciens strain AGL0 agus AGL1 a’ cleachdadh protocol electroporation. Ghabh sinn 40 pl de cheallan AGL0 comasach agus chuir sinn 110 pl de uisge milliQ fuar-deighe ris. Chuir sinn 50 pl den mheasgachadh seo a-steach do phìoban Eppendorf ro-fhuarach air deigh agus chuir sinn 1 pl den plasmid ris. Dh’ fhàg sinn na ceallan air deigh airson 15 min agus ghluais sinn na ceallan gu cuvettes electroporation ro-fhuaraichte. Rinn sinn dealan-dè air na measgachaidhean le Micropulser ™ (Bio-Rad Laboratories, Vee-nendaal, an Òlaind) a’ cleachdadh a’ phrògram Ec1 (1.8 kV, 0.1 cm cuvette). Chuir sinn 1 ml de LB ris agus thug sinn a-steach na ceallan airson 3 h air crathadh aig 28 ° C agus 200 RPM. Às deidh sin, chuir sinn a-steach truinnsearan agar LB anns an robh Rifampicin (100 pg / ml) agus Kanamycin (50 pg / ml) leis a’ chultar cruth-atharrachaidh. Chaidh dearbhadh gu robh an vectar ceart anns a h-uile coloinidh taghte.
Cruth-atharrachadh genotypes buntàta. Dh’ atharraich sinn genotypes B666 agus B667 le pBINPLUS-Sli agus genotypes B663 agus B665 le pAGM: CRISPRASli vectar a’ cleachdadh an dòigh explant gas air a mhìneachadh le Visser39. Ann an ùine ghoirid, chaidh stuthan internode fhaighinn bho genotypes fàs in vitro agus chaidh an cur air soithichean Petri anns an robh meadhan R3B le 2 ml de mheadhan PACM. An ath latha, 50 ml de 48 h Agrobacterium chaidh cultaran a chuir a-steach agus ath-chuairteachadh ann an 75 ml de LB. Chaidh an internode explants an uair sin fon uisge anns an Agrobacterium crochadh airson 5 min, air a thiormachadh air a 'chriathrag, agus air a chuir air ais air na soithichean Petri anns a bheil meadhan R3B. Às deidh 48 h de bhith a’ goir, chaidh na sgaoilidhean a ghluasad gu soithichean Petri anns an robh MS20 le antibiotaicean agus an cur ann an seòmar fàis gus leigeil le brògan ath-nuadhachadh. Às deidh ath-nuadhachadh, chaidh na brògan fhàs air meadhanan MS20 anns a bheil cefotaxime (200 pg / ml), vancomycin (200 pg / ml), agus kanamycin (100 pg / ml). Nuair a ràinig na brògan fada gu leòr, chaidh gearraidhean a dhèanamh agus fhàs ann an MS20 às aonais antibiotics. Às deidh co-dhiù dà sheachdain de bhith a 'fàs air MS20 gun antibiotics, chaidh na lusan a chur anns an taigh-glainne.
Mion-sgrùdadh ploidy. Chaidh ploidy de phlanntaichean transgenic a bharrachd air na smachdan neo-atharraichte a dhearbhadh le bhith a’ cleachdadh cytometry sruthadh le Plant Cytometry Services (Didam, an Òlaind). Chaidh a h-uile ath-ghinealach tetraploid a thilgeil air falbh.
Mion-sgrùdadh DUILLEAG air CRISPR-Mùthaidhean air an adhbhrachadh le Cas9. Chaidh às-tharraing DNA, PCR, agus mion-sgrùdadh PAGE a dhèanamh le Limgroup (Horst, An Òlaind). Chaidh na primers a leanas a chleachdadh gus an roinn le targaid CRISPR-Cas9 a mheudachadh: primer air adhart: CTATTTCCTATTGCTACCAG, primer cùil: AAACTTTACCCAAT AACGTC. Chaidh bileagan de thoraidhean PCR a choileanadh le bhith a’ cur primer cùil le earball M13 (sreath primer: TGTAAAACGACGGCCAGTAAACTTTAC CCAAATAACGTC) agus an dàrna cuid 700 IRDye no 800 IRDye le bileagan M13 primer a-steach don mheasgachadh PCR. Chaidh na toraidhean PCR a thàinig às a sin a sgrùdadh air DUILLEAG a’ cleachdadh siostam Li-cor. Chaidh toraidhean PCR bhon mhòr-chuid de na loidhnichean às aonais mùthaidhean air an adhbhrachadh le CRISPR-Cas9 a chuir a-mach às na h-ìomhaighean gel gus Fig. 3d (sgaraidhean air an comharrachadh le loidhnichean briste).
Mion-sgrùdadh phylogenetic air cuir a-steach 533 bp. Chaidh sreath an cuir a-steach 533 bp a sgrùdadh le bhith a’ cleachdadh BLASTn air làrach-lìn NCBI. Na 30 buillean as fheàrr, a’ toirt a-steach an cuir a-steach a tha an làthair slis ann an Solyntus, an uairsin a luchdachadh sìos agus a cho-thaobhadh ann am MegAlign Pro 17 (DNASTAR) a’ cleachdadh MUSCLE le roghainnean bunaiteach. Chaidh na craobhan a chruthachadh a’ cleachdadh an algairim ceangail ri nàbaidhean le roghainnean bunaiteach.
Geàrr-chunntas aithris. Tha tuilleadh fiosrachaidh mu dhealbhadh rannsachaidh ri fhaighinn anns a’ Gheàrr-chunntas air Aithisg Rannsachadh Nàdair ceangailte ris an artaigil seo.
Cothrom air dàta
Tha an t-sreath genome Solyntus agus leughaidhean sreath amh rim faighinn air NCBI fo aontachas PRJNA631911. Tha co-chruinneachadh genome Solyntus agus faidhlichean notaichean rim faighinn bho WUR [https://www.plantbreeding.wur.nl/Solyntus/]. Tha an dàta seicheamhachaidh RNA bho phoilean germaichte ri fhaighinn air tasglann goirid le leughadh NCBI fo aontachas PRJNA713577. Tha dàta eile ri fhaighinn anns an fhaidhle dàta tùsail no bidh e ri fhaighinn ma thèid iarraidh. Tha stòr-dàta air a thoirt seachad leis a’ phàipear seo.
Air fhaighinn: 22 Faoilleach 2021; Air gabhail ris: 8 Ògmhios 2021;
Air fhoillseachadh air-loidhne: 06 Iuchar 2021
iomraidhean
- 1. Duvick, DN Mar a tha briodadh a 'toirt seachad adhartasan ann an arbhar-mhara (Zea cèitean L.). Adv. Agron. 86, 83-145 (2005).
- 2. Lindhout, P. et al. A dh’ ionnsaigh briodadh buntàta sìol hybrid F1. Buntàta Res. 54, 301-312 (2011).
- 3. Jansky, SH et al. Ag ath-thòiseachadh buntàta mar bhàrr stèidhichte air loidhne diploid inbred. Bàrr Sci. 56, 1412-1422 (2016).
- 4. Seadh, M. et al. Gineadh buntàta diploid fèin-fhreagarrach le bhith a’ leagail S-RNase. Nat. Lusan 4, 651-654 (2018).
- 5. Enciso-Rodriguez, F. et al. A’ faighinn thairis air fèin-neo-fhreagarrachd ann am buntàta diploid a’ cleachdadh CRISPR-cas9. Beulaibh. Sci plannt. 10, 1-12 (2019).
- 6. Su, Y. et al. Cuir a-steach ginean airson strì an aghaidh Phytophthora infestans ann am buntata diploid. Am. J. Buntàta Res. 97, 33-42 (2020).
- 7. Dzidzienyo, DK, Bryan, GJ, Wilde, G. & Robbins, TP Allelic iomadachd S-RNase alleles ann an gnèithean buntàta diploid. Teòiridh. Appl. Gineadan. 129, 1985-2001 (2016).
- 8. McClure, B., Cruz-Garcia, F. & Romero, C. Co-fhreagarrachd agus neo-fhreagarrachd ann an siostaman stèidhichte air S-RNase. Ann. Bot. 108, 647-658 (2011).
- 9. Kubo, K. et al. Siostam neo-fhèin-aithneachaidh co-obrachail ann am fèin-fhreagarrachd stèidhichte air S-RNase. saidheans 330, 796-799 (2010).
- 10. De Jong, H. & Rowe, PR Inbreeding ann am buntàta diploid àiteach. Buntàta Res. 14, 74-83 (1971).
- 11. Hermsen, JGT & Olsder, J. Gintinneachd fèin-fhreagarrachd ann an dihaploids de Solanum tuberosum L. 1. Giùlan briodal dà dihaploid fèin-fhreagarrach. Euphytica 25, 597-607 (1976).
- 12. Hosaka, K. & Hanneman, RE Jr Gintinneachd fèin-fhreagarrachd ann an gnè buntàta diploid fiadhaich fèin-fhreagarrach Solanum chacoense. 1. A' lorg gine S locus inhibitor (Sli). Euphytica 99, 191-197 (1998).
- 13. Hosaka, K. & Hanneman, RE Jr Gintinneachd fèin-fhreagarrachd ann an gnè buntàta diploid fiadhaich fèin-fhreagarrach Solanum chacoense. 2. Ionadachadh gine S locus inhibitor (Sli) air genoma a' bhuntàta a' cleachdadh comharran DNA. Euphytica 103, 265-271 (1998).
- 14. Birhman, RK & Hosaka, K. Riochdachadh sìol inbred de bhuntàta diploid a’ cleachdadh gine S-locus inhibitor (Sli), agus an comharrachadh. Genome 502, 495-502 (2000).
- 15. Chen, J., Hu, Q., Zhang, Y., Lu, C. & Kuang, H. P-MITE: stòr-dàta airson mion-phlanntrais eileamaidean tar-ghluasadach neo-dhruim-altachain. Res Acid niùclasach. 42, 1176-1181 (2014).
- 16. Stefanowicz, K., Lannoo, N. & Van Damme, Pròtainean bogsa-F planntrais EJM - britheamhan eadar beatha agus bàs. Crit. An t-Urr. Plant Sci. 34, 523-552 (2015).
- 17. Liu, B., Morse, D. & Cappadocia, M. Faodaidh glycosylation de S-RNases buaidh a thoirt air stairsnich diùltadh poilean ann an Solanum chacoense. J. Ex. Bot. 59, 545-552 (2008).
- 18. Laimbeer, FPE Buntàta genomics trì dòighean: àireamhachadh endoreduplication ann an tubers, romp tron talamh transposon, agus soillseachadh riaghladh dath flùraichean. http://hdl.handle.net/10919/84480 (2018).
- 19. Clot, CR et al. Tùs agus tachartas farsaing fèin-fhreagarrachd stèidhichte air Sli ann am buntàta. Teòiridh. Appl. Gineadan. https://doi.org/10.1007/s00122-020-03627-8 (2020).
- 20. Endelman, J., Jansky, SH, Butler, N. & Christensen, G. Fianais ginteil air allele marbhtach cùil air cromosoma buntàta Aithisg 12-bliadhna de Chomann Buntàta Ameireagaidh. Am. J. Buntàta Res. 96, 331 (2019).
- 21. van Lieshout, N. et al. Solyntus, an genoma iomraidh ùr a tha gu math faisg air làimh airson buntàta (Solanum tuberosum). G3 Genomes Genomes Genet. 10, 3489-3495 (2020).
- 22. Leisner, CP et al. Sreath genome de M6, clon inbred diploid den ghnè buntàta àrd-glycoalcaloid a tha a ’dèanamh tuber Solanum cacoense, a’ nochdadh heterozygosity iarmharach. Lusan J. 1967, 562-570 (2018).
- 23. Peterson, BA et al. Fèin-thorrachas ann an sluagh buntàta diploid àiteach air a sgrùdadh leis an raon polymorphism aon-nucleotide buntàta infinium 8303. Genome lusan https://doi.org/10.3835/plantgenome2016.01.0003 (2016).
- 24. Lian, Q. et al. A’ faighinn mùthaidhean millteach aig àm polyploidization buntàta. J. Iomlan. Biol Lusan. 61, 7-11 (2019).
- 25. van Lieshout, N. et al. Solyntus, an genoma iomraidh ùr a tha faisg air làimh airson buntàta (Solanum tuberosum). G3 Genomes Genomes Genet. 631911, g3.401550.2020 (2020).
- 26. Van Ooijen, JW JoinMap®4, Bathar-bog airson a bhith ag obrachadh a-mach mapaichean ceangail ginteil ann an àireamhan deuchainneach Vol. 33 (Kyazma BV, 2006).
- 27. van Ooijen, JW Cruinneas mapadh loci feartan cainneachdail ann an gnèithean fèin-ghèam. Teòiridh. Appl Genet. 84, 803-811 (1992).
- 28. Voorrips, RE Mapchart: bathar-bog airson taisbeanadh grafaigeach de mhapaichean ceangail agus QTL. J. Hered. 93, 77-78 (2002).
- 29. Hirsch, CD et al. Spud DB: goireas airson sreathan mèinnearachd, genotypes, agus phenotypes gus briodadh buntàta a luathachadh. Genome lusan. 7, https://doi.org/ 10.3835 / genome planntrais2013.12.0042 (2014).
- 30. Bankevich, A. et al. SPAdes: algairim cruinneachaidh genome ùr agus na tagraidhean aige a thaobh sreath aon-chealla. J. Coimpiutair. Biol. 19, 455-477 (2012).
- 31. Sharma, SK et al. Togail pseudomolecules iomraidh air sgèile chromosome airson buntàta: ag aonachadh genoma a’ bhuntàta le mapaichean ginteil agus fiosaigeach. G3 Genomes Genomes Genet. 3, 2031-2047 (2013).
- 32. Fernandez-Pozo, N. et al. Lìonra Sol Genomics (SGN) - bho genotype gu phenotype gu briodadh. Res Acid niùclasach. 43, D1036-D1041 (2015).
- 33. Kim, S. et al. Tha sreath genome den phiobair teth a’ toirt sealladh dhuinn air mean-fhàs pungency ann an Capsicum gnèithean. Nat. Genet. 46, 270-278 (2014).
- 34. Santillan Martinez, MI et al. Mutagenesis cuimsichte CRISPR/Cas9 den ghine so-leòntachd tomato PMR4 airson strì an aghaidh bleoghan pùdarrach. Biol Lusan BMC. 20, 1-13 (2020).
- 35. Liang, G., Zhang, H., Lou, D. & Yu, D. Taghadh de sgRNAn fìor èifeachdach airson deasachadh genoma planntrais stèidhichte air CRISPR/Cas9. Sci. Rep. 6, 1-8 (2016).
- 36. Stemmer, M., Thumberger, T., Del Sol Keyer, M., Wittbrodt, J. & Mateo, JL CCTop: inneal ro-innse targaid CRISPR/Cas9 intuitive, sùbailte agus earbsach. PLOS AON 10,1-11 (2015).
- 37. Zuker, frithealaiche lìn M. Mfold airson pasgadh searbhag nucleic agus ro-innse hybridization. Res Acid niùclasach. 31, 3406-3415 (2003).
- 38. Chari, R., Yeo, NC, Chavez, A. & Church, Sgòr GM SgRNA 2.0: modail neo-eisimeileach gnè gus gnìomhachd CRISPR/Cas9 a ro-innse. Synth ACS. Biol. 6, 902-904 (2017).
- 39. Visser, RGF a-steach Leabhar-làimhe Cultar Meidigeach Lusan 301-309 (Earrach, 1991).
Gnothaichean co-fharpais
Tha na h-ùghdaran ag innse nach eil com-pàirt sam bith ann.
Tha fiosrachadh a bharrachd
Fiosrachadh a bharrachd Anns an dreach air-loidhne tha stuth a bharrachd a tha ri fhaighinn aig https://doi.org/10.1038/s41467-021-24267-6.
Litrichean agus bu chòir iarrtasan airson stuthan a chur gu CWBB
Fiosrachadh ath-bhreithneachaidh co-aoisean Nature Conaltraidh taing do Roger Chetelat agus am fear eile, neach-sgrùdaidh (ean) gun urra airson na chuir iad ris an ath-sgrùdadh cho-aoisean air an obair seo. tha aithisgean ath-bhreithneachaidh cho-aoisean rim faighinn.
Ath-chlò-bhualadh agus fiosrachadh cead a tha ri fhaotainn aig http://www.nature.com/reprints
Air fhoillseachadh le's nota Tha Springer fhathast a 'neadachadh nàdar a thaobh tagraidhean uachdarail ann am mapaichean foillsichte agus ceanglaichean institiùideach.
Buidheachas
Tha sinn ag aithneachadh a’ chuideachaidh bho Veronica Tammy Soputro ann an cruth-atharrachadh dà genotype buntàta le pAGM:CRISPRASli, cuideachadh oileanaich BSc agus MSc Gilo Pleunis, Iris Smits, Niki Vorgia, Hidde Knuiman, Maurice Geurts, Anja van Heteren, agus Torsten van der Schriek airson an cuideachadh le bhith a’ dèanamh phenotyping air na h-àireamhan mapaidh, agus Tess Lucas airson sampallan RNA a ghineadh. Tha sinn cuideachd ag aithneachadh luchd-obrach taigh-glainne Unifarm aig Oilthigh Solynta agus Wageningen airson an cuideachadh le cumail suas nan lusan agus às-tharraing sìol. Tha am pròiseact seo air taic ionmhais fhaighinn bho Bhuidheann Rannsachadh Saidheansail na h-Òlaind (ID Tabhartais: NWA.17.023).
Obair an ùghdair
Dhealbhaich agus rinn E.JE na deuchainnean agus sgrìobh e an làmh-sgrìobhainn. Dhealbhaich agus chuir AvdB an gnìomh na dòighean WGS, comharra KASP, agus bioinformatics. Chuidich SvH, RGFV, CWBB, MEdV, agus PL le bhith a’ dealbhadh an dòigh-obrach airson sgrùdaidhean mapaidh ginteil agus comharrachadh gnìomh slis. Rinn RGFV, CWBB, agus PL ath-sgrùdadh air agus thug iad iomradh air an làmh-sgrìobhainn.
I(S) Q) Access Access Tha an artaigil seo air a cheadachadh fo cheadachas eadar-nàiseanta Creative Commons Attribution 4.0, a cheadaicheas cleachdadh, roinneadh, atharrachadh, cuairteachadh agus ath-riochdachadh ann am meadhan no cruth sam bith, fhad ‘s a bheir thu creideas iomchaidh don ùghdar / ùghdaran tùsail agus an stòr, a’ toirt seachad a ceangal ri cead Creative Commons, agus comharraich an deach atharrachaidhean a dhèanamh. Tha na h-ìomhaighean no stuthan treas pàrtaidh eile san artaigil seo air an toirt a-steach do chead Creative Commons an artaigil, mura h-eilear ag innse a chaochladh ann an loidhne creideas ris an stuth. Mura h-eil stuth air a ghabhail a-steach ann an cead Creative Commons an artaigil agus nach eil an cleachdadh a tha san amharc agad ceadaichte le riaghladh reachdail no nas àirde na an cleachdadh ceadaichte, feumaidh tu cead fhaighinn gu dìreach bho neach-gleidhidh an dlighe-sgrìobhaidh. Gus leth-bhreac den chead seo fhaicinn, tadhal air http://creativecommons.org/ ceadan/le/4.0/.